首先，丙肝病毒特別狡猾。它可通過一些特殊的機制，把自己重要的基因隱藏起來，並保持其相對穩定;而把免疫系統能夠發揮作用的基因抗原——丙肝病毒包膜蛋白-2放在容易發生變異的位置，形成一個高度變異區，導致病毒在複製過程中像孫悟空七十二變一樣不停地發生變異[1]。機體免疫系統對原病毒抗原產生的抗體，在迅速突變的新病毒株面前很快失效;而再產生剛剛能對抗新病毒抗原時，病毒又發生了新的變化，從而逃避人體免疫系統對它的清除。因此，至今沒有研究出預防丙肝病毒感染的疫苗，也沒有有效的免疫學方法預防或治療丙肝病毒感染，而且導致病毒感染後容易難以清除，成為慢性感染者。
丙肝病毒損害肝細胞的手段比乙肝病毒更多。乙肝病毒只會寄生在肝細胞內，它本身並不引起肝損傷，只有在身體的免疫系統受到病毒刺激而“生氣”的時候，才會和肝細胞中的乙肝病毒“打仗”，引起肝細胞“死亡”。所以，乙肝病毒感染者中肝功能正常的病毒攜帶者很常見。而丙肝病毒可以通過許多辦法導致肝細胞損傷。丙肝病毒可以直接破壞肝細胞[2]。不僅如此，丙肝病毒也可以像乙肝病毒一樣刺激免疫系統，挑起戰爭，導致肝損害。丙肝病毒作惡不僅限於肝臟，它還會改變人體代謝，導致糖代謝、脂代謝紊亂，引起肝細胞脂肪變性，導致肝細胞迫害。丙肝病毒還常常在人體內挑起“內戰”。
丙肝病毒核心抗原與人體細胞核的一種多肽抗原“長得”十分相像，感染丙肝病毒後，免疫系統常常誤把人體細胞核的多肽抗原當成丙肝病毒核心抗原，其結果沒有清除丙肝病毒，反而傷了自身細胞，引起自身免疫性損傷和相關疾病。因此，丙肝病毒比乙肝病毒感染更容易發生肝損害。在病毒複製陽性的慢性丙肝病毒感染者中，88%存在肝臟組織學改變[3];肝功能持續正常的病毒攜帶者僅佔20%～30%[4];
