一般非典型瘧疾應與下列疾病相鑑別：
1.敗血症 瘧疾急起高熱，熱型稽留或弛張者，類似敗血症。但敗血症全身中毒症狀重;有局灶性炎症或轉移性化膿病灶;白細胞總數及中性粒細胞增高;血培養可有病原菌生長。
2.鉤端螺旋體病 本病流行多在秋收季節，與參加秋收接觸疫水有密切關係。臨床典型症狀“寒熱痠痛一身乏，眼紅腿痛淋巴大”可供鑑別。
3.絲蟲病 急性絲蟲病有時需與瘧疾鑑別，鑑別主要依離心性淋巴管炎，血片中找到微絲蚴。
4.傷寒、副傷寒 一般起病不急，持續高熱，常無寒戰及大汗，有聽力減退，相對緩脈，玫瑰疹，白細胞減少，嗜酸性粒細胞消失，肥達反應陽性，血或骨髓培養陽性等特點，不難鑑別。
5.急性血吸蟲病 來自流行區，近期接觸過疫水，有皮疹，嗜酸性粒細胞明顯增高，血吸蟲皮試陽性，大便孵化陽性，即可確診為血吸蟲病。
6.腦型瘧疾 本病發生易與流行性乙型腦炎、中毒性痢疾、中暑相混淆。通常要仔細反覆查找瘧原蟲。毒痢還應做糞常規、培養。一時弄不清可先用抗瘧藥治療以等待結果。
7.黑尿熱 應與急性溶血性貧血鑑別，如胡豆黃;陣發性血紅蛋白尿。
8.其它如粟粒性結核、膽道感染引起的長熱程發熱也要注意鑑別。
