引起不孕的病因有許多，除了生殖、內分泌異常及生殖器官異常可導致不孕外，一些全身性疾病也可致不孕。最常見的是內分泌及代謝方面的疾病，如甲狀腺機能亢進、甲狀腺機以減退、腎上腺皮質功能異常、糖尿病及肥胖症等。
一、肥胖症
肥胖是指由於能量攝入和消耗之間平衡失調，多餘的能量以脂肪的形式在體內聚積造成體重增加，體重超過理想體重的20%或體重指數(BMI)>26者。隨著現代化生產水平及人們生活水平的提高，尤其在發達國家，肥胖的發病率越來越高，並且與糖尿病、冠狀動脈粥樣硬化性心臟病、心血管疾病、高血壓、高脂血症等病的發病密切相關。肥胖症還可導致卵巢功能異常、子宮發育不良、不孕症、性機能異常及外陰、陰道炎等婦科疾患。已經證實肥胖症患者不孕的發生率明顯高於體重正常者。
二、甲狀腺功能障礙
甲狀腺功能障礙可引起雌激素代謝障礙、FSH及LH分泌異常，常表現為明顯的卵巢機能不全而很少妊娠。目前對於甲狀腺機能異常導致不孕的病理機制尚無足夠的認識，可能與下列因素有關：
1、卵巢功能異常臨床研究表明，甲狀腺機能低下的患者促性腺激素的分泌呈脈衝式，但基線水平較正常者高，從而影響了排卵。部分患者雖然體內雌激素水平正常，有正常的或近似正常的月經週期，仍存在不孕，可能因垂體促性腺激素效能降低或存在抗卵巢作用，亦會造成不排卵。
2、自身免疫甲狀腺機能障礙伴不孕患者中甲狀腺抗體陽性者所佔比例較高，說明該類不孕可能與自身免疫功能異常有關。
3、代謝異常在甲狀腺機能減退的患者常因代謝功能低下而導致肥胖，從而增加了不孕的發病率。
4、影響子宮發育動物實驗研究了甲狀腺機能低下的大鼠子宮結構，發現子宮內膜減少，肌層變薄、宮角體積減少。
三、糖尿病
糖尿病可致糖、脂肪、蛋白質等體內多種物質代謝功能紊亂，女性患者常同時伴有不孕及月經紊亂，或妊娠後發生死胎、早產或巨大胎兒。糖尿病造成女性不孕的病因現在還不清楚，文獻報道不多。可能與下列因素有關：
1、自身免疫：在部分糖尿病伴不孕患者血漿中可查到抗胰島素抗體，其中一些病例還可同時測到卵巢抗體。
2、肥胖：部分糖尿病人因代謝紊亂致肥胖，而肥胖是不孕的原因之一。
