1.體質因素
本病主要發生在嬰幼兒，其內因特點：
(1)嬰兒胃腸道發育不夠成熟，酶的活性較低，但營養需要相對地多，胃腸道負擔重。
(2)嬰兒時期神經、內分泌、循環系統及肝、腎功能發育均未成熟，調節機能較差。
(3)嬰兒免疫功能也不完善。血清大腸桿菌抗體滴度以初生至2週歲最低，以後漸升高。因而嬰幼兒易患大腸桿菌腸炎。母乳中大腸桿菌抗體滴度高，特別是初乳中致病性大腸桿菌分泌型IgA高，所以母乳餵養兒較少發病，患病也較輕。同理小嬰兒輪狀病毒抗體低，同一集體流行時，小嬰兒罹病多。
(4)嬰兒體液分佈和成人不同，細胞外液佔比例較高，且水分代謝旺盛，調節功能又差，較易發生體液、電解質紊亂。嬰兒易患佝僂病和營養不良，易致消化功能紊亂，此時腸道分泌型IgA不足，腹瀉後易於遷延。
2.感染因素
分為消化道內與消化道外感染，以前者為主。
(1)消化道內感染 致病微生物可隨汙染的食物或水進入小兒消化道，因而易發生在人工餵養兒。哺餵時所用器皿或食物本身如未經消毒或消毒不夠，亦有感染可能。病毒也可通過呼吸道或水源感染。其次是由成人帶菌(毒)者的傳染，如病房內暴發細菌性(或病毒性)腸炎後部分醫護人員受染，成為無症狀腸道帶菌(毒)者，可導致病原傳播。
(2)消化道外感染 消化道外的器官、組織受到感染也可引起腹瀉，常見於中耳炎、咽炎、肺炎、泌尿道感染和皮膚感染等。腹瀉多不嚴重，年齡越小者越多見。引起腹瀉的原因一部分是因為腸道外感染引起消化功能紊亂，另一部分可能是腸道內外均為同一病原(主要是病毒)感所引起。
(3)濫用抗生素所致的腸道菌群紊亂 長期較大量地應用廣譜抗生素，如氯黴素、卡那黴素、慶大黴素、氨苄青黴素、各種頭孢黴素，特別是兩種或以上並用時，除可直接刺激腸道或刺激植物神經引起腸蠕動增快、葡萄糖吸收減少、雙糖酶活性降低而發生腹瀉外，更嚴重的是可引起腸道菌群紊亂。此時正常的腸道大腸桿菌消失或明顯減少，同時耐藥性金黃色葡萄球菌、變形桿菌、綠膿桿菌、難辨梭狀芽胞桿菌或白色念珠菌等可大量繁殖，引起藥物較難控制的腸炎。
3.消化功能紊亂
(1)飲食因素。
(2)不耐受碳水化物。
(3)食物過敏。
(4)藥物影響。
(5)其他因素：如不清潔的環境、戶外活動過少、生活規律的突然改變、外界氣候的突變(中醫稱為“風、寒、暑、溼瀉”)等也易引起嬰兒腹瀉。
