一、患者長時間的疼痛使機體神經內分泌、循環系統、呼吸系統和消化系統等一系列生理活動系統發生病變。
例如，由於發作性疼痛的刺激，中樞神經系統長期處於興奮狀態，交感神經興奮性增高，表現為兒茶酚胺分泌增多，糖原分解增強，交感神經系統活動增強，導致周圍血管收縮，血壓升高，心律加快。再加上病人因害怕三叉神經痛發作而不敢進食，使病人的身體出現負氮平衡，從而加劇了三叉神經痛的發作。這是三叉神經痛的一個常見危害。
其次，危害還表現在由於患者長期的劇烈疼痛使三叉神經痛患者不敢洗臉，不敢吃飯、漱口、刷牙，使患者的身體處於營養不良的狀態，面容憔悴，身體消瘦。
嚴重影響患者身體健康的同時，三叉神經痛也會給患者帶來心理上的傷害，患者長期處於精神壓抑、緊張、焦慮的狀態，加重了患者的痛苦，嚴重影響了患者的日常交流。有些患者還存在輕生的念頭，精神總是處於崩潰的邊緣。
