1.遺傳基因缺陷 早期自然流產時，染色體異常的胚胎佔50%- 60%，多為染色體數目異常，其次為染色體結構異常。數目異常有三體、三倍體及X單體等;結構異常有染色體斷裂、倒置、缺失和易位。染色體異常的胚胎多數結局為流產，極少數可能繼續發育成胎兒，但出生後也會發生某些功能異常或合併畸形。若已流產，妊娠產物有時僅為一空孕囊或已退化的胚胎。
2.環境因素 影響生殖功能的外界不良因素很多，可以直接或間接對胚胎或胎兒造成損害。過多接觸某些有害的化學物質(如砷、鉛、苯、甲醛、氯丁二烯、氧化乙烯等)和物理因素(如放射線、噪音及高溫等)，均可引起流產。
3.母體因素 (1)全身性疾病：妊娠期患急性病，高熱可引起子宮收縮而致流產;細菌毒素或病毒(單純皰疹病毒、鉅細胞病毒等)通過胎盤進入胎兒血循環，使胎兒死亡而發生流產。此外，孕婦患嚴重貧血或心力衰竭可致胎兒缺氧，也可能引起流產。孕婦患慢性腎炎或高血壓，胎盤可能發生梗死而引起流產。 (2)生殖器官疾病：孕婦因子宮畸形(如雙子宮、縱隔子宮及子宮發育不良等)、盆腔腫瘤(如子宮肌瘤等)，均可影響胎兒的生長髮育而導致流產。宮頸內口鬆弛或宮頸重度裂傷，易因胎膜早破發生晚期流產。 (3)內分泌失調：甲狀腺功能減退症、嚴重糖尿病未能控制、黃體功能不足，均可導致流產。 (4)創傷：妊娠期特別是妊娠早期時行腹部手術或妊娠中期外傷，導致子宮收縮而引起流產。
4.胎盤內分泌功能不足 妊娠早期時，卵巢的妊娠黃體分泌孕激素外，胎盤滋養細胞亦逐漸產生孕激素。妊娠8周後，胎盤逐漸成為產生孕激素的主要場所。除孕激素外，胎盤還合成其他激素如β-絨毛膜促性腺激素、胎盤生乳素及雌激素等。早孕時，上述激素值下降，妊娠難以繼續而致流產。
5.免疫因素 妊娠猶如同種異體移植，胚胎與母體間存在複雜而特殊的免疫學關係，這種關係使胚胎不被排斥。若母兒雙方免疫不適應，則可引起母體對胚胎的排斥而致流產。有關免疫因素主要有父方的組織相容性抗原、胎兒特異抗原、血型抗原、母體細胞免疫調節失調、孕期母體封閉抗體不足及母體抗父方淋巴細胞的細胞毒抗體不足等。
