從理論上講，卵子與精子結合形成胚胎需要孕酮，因為在生育過程孕酮幫助刺激子宮變化，而且可以增加生殖系統血管和組織血流，然後促進胚胎髮育。如果孕前期孕酮水平大幅下降，可能容易使未在子宮著床穩定的胚胎停止發育。而在胚胎異常(唐氏或其他染色體異常的胚胎)的情況下，胚胎分泌激素會不足，孕酮也會很低。
黃體功能不全可能是流產的一個原因，但沒有很好的指標去診斷黃體功能不全，一次血中孕酮的測定不足以代表整個孕期水平，血中水平未必等於子宮局部水平。而且人體分泌的孕酮代謝很快，抽血後如果不能及時檢查，檢查結果就會有誤差。所以臨床才使用孕酮和HCG聯合檢查的方法，如果只是孕酮低而HCG正常，多半是檢查誤差，應該複查或以HCG結果為主。
因此，在沒有陰道出血、HCG正常的情況下，孕酮低不一定會導致胎停流產。但要是流產後，孕酮肯定是低的，因為身體已經無需激素分泌來支持胚胎髮育了。
據調查，有20%～50%孕酮低的孕婦並沒有出現過流產症狀，但是孕酮低仍然需要密切觀察。
