生殖器皰疹為易復發疾病，尚無徹底治癒方法。治療目的是減輕症狀，縮短病程，減少HSV排放，控制其傳染性。
1、抗病毒治療：以全身抗病毒藥物為主。
(1)原發性生殖器皰疹：阿昔洛韋200mg，每日5次，口服，連用7-10日;或伐昔洛韋1000mg，每日2次，口服，連用7-10日;或泛昔洛韋250mg，每日3次，口服，連用5-10日。
(2)複發性生殖器皰疹：最好在出現前驅症狀或皮損出現24小時內開始治療。阿昔洛韋200mg，每日5次，連服5日;或伐昔洛韋500mg，每日2次，連服5日;或泛昔洛韋125mg，每日3次，連服5日。
(3)頻繁複發患者(1年內復發6次以上)：為減少復發次數，可用抑制療法。阿昔洛韋400mg，每日2次口服;或伐昔洛韋500mg，每日1次口服;或泛昔洛韋250mg，每日2次口服。這些藥物需長期服用，一般服用4個月至1年。
(4)嚴重感染：指原發感染症狀嚴重或皮損廣泛者。阿昔洛韋每次5-10mg/kg體重，每8小時1次，靜脈滴注，連用5-7日或直至臨床症狀消退。
2、局部治療：保持患處清潔、乾燥。皮損處外塗3%阿昔洛韋霜、1%噴昔洛韋乳膏或酞丁胺霜等。
