現代醫學認為：倘若睪丸生長良好，內分泌功能無異常，單純陰莖長得短小(小於5釐米)，並不妨礙性生活。因為從男子來說，即使陰莖短小些，但勃起功能依然很好，能完成性生活，並能生兒育女。從女方來說，女性的陰道伸縮能力很強，能適應大小不同的陰莖。陰道的神經末梢全部集中在外1/3段，而內2/3段，在性反應中充分擴張而且缺乏足夠的神經末梢，所以說陰莖的大小對女方的感受來說意義不大。
陰莖真正短小的概念：①長度：青春期前短於2.5釐米，青春期短於5釐米。周長：青春潮前小於1釐米，青春期小於7.5釐米。②第二性徵發育不良：如聲帶、鬍鬚、膠毛、陰毛、喉核等。③性器官發育不正常，性功能障礙，無勃起功能，無精子，無生育能力。具備以上幾點才算是真正的陰莖短小。
陰莖短小是下丘腦垂體發育慢，睪酮水平低。陰莖的分化、發育全靠體內的睪酮水平。如果母體妊娠第6-9個月期間，睪酮分泌嚴重不足，胎兒陰莖發育低於正常速度，出生時陰莖便會較小。
