首先應對症治療。如絞痛發作時用止痛藥物，若發現合併感染或梗阻，應根據具體情況先行控制感染，必要時行輸尿管插管或腎盂造瘻，保證尿液引流通暢，以利控制感染，防止腎功能損害。同時積極尋找病因，按照不同成分和病因制定治療和預防方案，從根本上解決問題，儘量防止結石復發。
1.一般治療
(1)大量飲水較小結石有可能受大量尿液的推送、沖洗而排出，尿液增多還有助於感染的控制。
(2)解痙止痛M型膽鹼受體阻斷劑，可以鬆弛輸尿管平滑肌，緩解痙攣。通常劑量為20mg，肌肉注射黃體酮可以抑制平滑肌的收縮而緩解痙攣，對止痛和排石有一定的療效;鈣離子阻滯劑硝苯地平，對緩解腎絞痛有一定的作用;α受體阻滯劑在緩解輸尿管平滑肌痙攣，治療腎絞痛中具有一定的效果。
(3)控制感染結石引起的尿路梗阻時容易發生感染，感染尿內常形成磷酸鎂銨結石，這種惡性循環使病情加重。除積極取出結石解除梗阻外，應使用抗生素控制或預防尿路感染。
2.按不同成分的病因治療
(1)高鈣尿①原發性高鈣尿可使用噻嗪類藥和枸櫞酸鉀，吸收性高鈣尿除噻嗪類藥、枸櫞酸鉀外，不能耐受該類藥物的需用磷酸纖維素鈉，有血磷降低者需改用正磷酸鹽。②高鈣血癥積極治療伴隨疾病，當發生高鈣血癥危象時，需緊急治療。首先使用生理鹽水儘快擴容，使用袢利尿劑呋塞米等增加尿鈣排洩;二磷酸鹽主要治療高鈣血癥藥物，可以有效抑制破骨細胞活性，減少骨重吸收。患者有原發性甲狀旁腺功能亢進並伴有症狀性高鈣血癥或無症狀性腎結石時，首選手術切除甲狀旁腺。當患者有症狀性或梗阻性腎結石，在無高鈣血癥危象時，首先處理結石。
(2)腎小管酸中毒主要使用鹼性藥物減慢結石生長和新發結石形成，糾正代謝失調。
(3)高草酸尿原發性高草酸尿治療較困難，可試用維生素B6，從小劑量開始，歲效果減退而不斷加量，同時大量飲水，限制富含草酸的食物，可使尿液的草酸水平降至正常。
(4)高尿酸尿低嘌呤食物、大量飲水可降低尿內尿酸的濃度。
(5)高胱氨酸尿適當限制蛋白質飲食，使用降低胱氨酸的硫醇類藥物加以治療。
(6)感染石根據患者情況將結石取出，選擇適宜的抗生素控制尿路感染。
3.外科治療
疼痛不能被藥物緩解或結石直徑較大時，應考慮採取外科治療措施。其中包括：①體外衝擊波碎石治療。②輸尿管內放置支架，還可以配合ESWL治療。③經輸尿管鏡碎石取石術。④經皮腎鏡碎石術。⑤腹腔鏡切開取石術。
