一般情況下，小而無症狀的囊腫一般無需治療，也不會影響生育。如果病情發展，囊腫增大，沒有生育要求的話可以手術治療，因為手術可能破壞附睪管而影響生育。無症狀者不需治療，症狀較重或囊腫體積較大且已婚有子女者可行手術摘除。手術有可能破壞附睪管而影響生育，所以沒有結婚的患者要慎重。
附睪炎囊腫會直接影響男性的生育能力及男性健康
1、臨床研究發現附睪炎是會影響生育的，這主要原因是當睪丸產生精子後，並不具備與卵子結合的能力，而附睪這時就起到作用了，附睪是為精子成熟提供環境的地方，當精子在附睪裡成熟之後，才能獲得活動的能力，因此說，附睪如果出了問題，很可能就會引起男性不育症。
2、可導致死精、無精、喪失生育能力，並且將炎性病菌傳染給配偶，造成婦科疾病，給妻子帶來巨大傷害。從而喪失生育能力。
3、附睪炎可導致男性性功能下降，甚至完全喪失性功能，給夫妻生活帶來困難。
4、精損腎虧早衰。附睪炎若久治不愈易造成精神狀態不好，身體虛。而這些都是影響生育的因素。
一般小的附睪囊腫(小於1cm)不需要特別處理，小的囊腫但症狀很嚴重，也可以考慮做附睪切除，但一定要生育以後，因為附睪切除了，一側睪丸產生的精子就排不出來了，一側睪丸就等於喪失了生育能力，所以要綜合考慮。
