1、泌尿系統感染會造成男性不育。由於泌尿系統感染會導致尿道狹窄和射精功能障礙，可直接影響尿道的上皮，在感染的局部形成疤痕，這種情況嚴重時可造成排尿困難，同時也可以造成射精障礙，導致不育。
資料統計，性功能障礙、不育患者近80%都與尿路感染的病變有關。
2、久治不愈泌尿系統感染會導致慢性腎衰。泌尿系統感染最大的特點是容易轉為慢性感染，嚴重者可引起慢性腎衰竭。據資料統計，25%的慢性腎衰都由泌尿系統感染引起。
3、泌尿系統感染還會引起腎乳頭壞死、腎周圍膿腫等併發症。同時由於隱伏於尿道內的細菌進入尿道隱窩、尿道旁腺、尿道球部、前列腺及精囊部、輸精管、附睪及睪丸，引起尿道旁膿腫、尿道瘻等一系列併發症。
4、影響胎兒：受感染女性的小孩可能會患上結膜炎。
5、造成關節炎：感染嚴重時，細菌侵犯到膝關節內會造成關節炎。
