目的在於緩解症狀，防止復發，減少腎實質的損害。鼓勵患者多飲水，勤排尿，勿憋尿，以降低髓質滲透壓，提高機體吞噬細胞功能，沖洗掉膀胱內的細菌。有發熱等全身感染症狀應臥床休息。
1.急性腎盂腎炎
引起尿路感染的主要細菌是革蘭陰性菌，其中以大腸桿菌為主。感染嚴重有敗血症者宜靜脈給藥。根據尿細菌培養結果選用敏感藥物。
新生兒、嬰兒和5歲以下的幼兒急性腎盂腎炎多數伴有尿道畸形和功能障礙，故不易根除，但有些功能障礙如膀胱輸尿管反流可隨年齡增長而消失。一次性或多次尿路感染在腎組織中形成局灶性瘢痕，甚至影響腎發育，近年來主張用藥前儘可能先做中段尿細菌培養，停藥後第2、4、6周應複查尿培養，以期及時發現和處理。
2.慢性腎盂腎炎
急性發作者按急性腎盂腎炎治療，反覆發作者應通過尿細菌培養確定菌型，明確此次再發是復發或重新感染。
(1)復發 指治療後菌株轉陰性，但在停藥後的6周內再發，且致病菌和先前感染的完全相同。復發的常見原因有：①尿路解剖上或功能上異常，引起尿流不暢。可通過靜脈腎盂造影或逆行腎盂造影以明確之，如有明顯解剖異常情況存在，需手術加以糾正。如果梗阻因素難以解除，則根據藥敏選用恰當抗菌藥治療6周。②抗菌藥選用不當或劑量和療程不足，常易復發，可按藥敏選擇用藥，治療4周。③由於病變部位瘢痕形成，血流量差，病灶內抗菌藥濃度不足，可試用較大劑量殺菌類型抗菌藥治療，療程6周。
腎盂腎炎一年內如尿感發作在3次或3次以上的者又稱複雜性尿感，可考慮長時間低劑量治療。一般選毒性低的抗菌藥物治療。男性因前列腺炎引起復發者，宜同時治療慢性前列腺炎，選用脂溶性抗菌藥物。如果經兩個療程的足量抗菌治療後，尿菌仍持續陽性，可考慮長時間低劑量治療。
(2)再感染 指菌尿轉陰後，另一種與先前不同的致病菌侵入尿路引起的感染，一般在菌尿轉陰6周後再發。婦女的尿路感染再發，85%是重新感染，可按首次發作的治療方法處理，並叮囑患者重視尿路感染的預防。
