遺傳因素（25%）。
嬰兒溼疹的原因很複雜，其中過敏是最重要的原因，所以有過敏家族史的嬰兒（如父親、母親、祖父、祖母、外祖父、外祖母、兄弟姐妹和其他家庭成員有溼疹、過敏性鼻炎、過敏性皮炎、過敏性結膜炎、哮喘、食物過敏和藥物過敏）容易患溼疹。
蛋白質不耐受（25%）：
大約20%的嬰兒對牛奶蛋白有不同程度的不耐受，常常表現為不同程度的溼疹，嚴重時還會腹瀉，甚至便血。最常見的不耐受是對牛奶蛋白的不耐受，但有些孩子對母乳蛋白也不耐受。這種不耐受在出生後頭兩個月開始，並逐漸惡化。它通常在出生後4個月左右達到高峰。隨著補充食品的添加，這種情況大多開始改善，通常在2歲左右消失。然而，有些孩子的皮疹會變得更糟，將來會出現食物過敏、過敏性鼻炎，甚至過敏性哮喘。
