抗病毒藥物治療，可參照中國疾病預防控制中心性病控制中心2006年頒佈《性傳播疾病臨床診療指南》[3]，並作適當調整。除此以外，應配合心理治療和中醫藥治療。
一、抗病毒治療阿昔洛韋、伐昔洛韋、泛昔洛韋等治療生殖器皰疹可以減輕症狀，縮短病程，減少排毒。
(一)初發感染 阿昔洛韋200mg，5次/d，連服7~10d;或阿昔洛韋400mg，3次/d，連服7~10d;或伐昔洛韋300mg，2次/d，連服7~10d，或泛昔洛韋250mg，3次/d，連服7~10d。
(二)復發感染 最好在出現前驅症狀或損害出現24h內開始治療。阿昔洛韋200mg，5次/d，連服5d;或阿昔洛韋400mg，3次/d，連服5d;或伐昔洛韋300mg，2次/d，連服5d;或泛昔洛韋125~250mg，3次/d，連服5d。
(三)頻繁複發(1年復發6次以上)患者 為減少復發次數，可用抑制療法。阿昔洛韋400mg，口服，2次/d;或伐昔洛韋300mg，口服，1次/d;或泛昔洛韋125~250mg，口服，2次/d。以上藥物均需長期服用，一般服用4個月到1年。
(四)嚴重感染 指原發感染症狀嚴重或皮損廣泛者。阿昔洛韋每次5mg~10mg/kg體重，靜脈點滴，1次/8h，用5~7d或直至臨床症狀消退。
(五)對發生於免疫缺陷者的生殖器皰疹可按上述方案治療，必要時可適當延長療程。
生殖器皰疹(六)妊娠期皰疹 需權衡母嬰的利弊選擇適當的抗病毒藥物和方案。目前主張，孕婦初發生殖器皰疹可以口服阿昔洛韋治療;有嚴重併發症可危及生命者，應靜脈滴注阿昔洛韋治療;對於頻繁複發或新近感染的孕婦生殖器皰疹患者，在足月時，可通過阿昔洛韋治療以減少活動性損害的出現，從而降低剖宮產率;對於以往有複發性生殖器皰疹病史但近足月時無復發跡象的孕婦，可以不進行阿昔洛韋治療。
(七)新生兒皰疹 阿昔洛韋30～60mg/(kg.d)，靜脈滴注，療程為10～21天。
二、局部治療 保持患處清潔、乾燥。皮損處可外塗3%阿昔洛韋霜、1%噴昔洛韋乳膏和酞丁胺霜等。若有繼發細菌感染，應加用抗生素。
三、中醫藥治療 複發性生殖器皰疹患者往往具有勞累、心理焦慮等情況，因此在積極抗病毒治療的同時，可給予一些健脾利溼、清熱解毒和養肝滋腎、滋陰清熱的中藥，如參苓白朮散和知柏地黃丸等，對部分患者有效。
四、心理治療 由於本病很易復發，反覆發作常給患者帶來煩惱和焦慮，應耐心、細緻地對患者進行心理治療，鼓勵病人增強戰勝疾病的信心，積極配合治療。
五、預防 預防生殖器皰疹的傳播應從消滅傳染源、切斷傳播途徑和提高易感人群的免疫力三方面入手。提高易感人群保護性免疫力的方法是疫苗的使用，據目前資料，找到高效預防HSV感染的疫苗已為期不遠了。
