生殖器皰疹尤其是原發性生殖器皰疹患者常在外陰部出現多個潰瘍，自覺疼痛，應注意與下列外陰潰瘍性疾病作鑑別。
一、硬下疳由梅毒螺旋體在入侵部位引起的圓形潰瘍，常為單發，其基底觸診如軟骨樣硬度，無壓痛亦無自覺疼痛，潰瘍面分泌物塗片以暗視野顯微鏡檢查可見大量活動的螺旋體，可資鑑別。
二、軟下疳由杜克雷嗜血桿菌引起的生殖器部位多個潰瘍，基部無硬性結節，有痛感。與生殖器皰疹鑑別困難時，需用病原體分離法(杜克雷嗜血桿菌培養和病毒分離)來鑑別。
三、其它皮膚病 白塞病可以出現多個生殖器部位的潰瘍、疼痛，常復發，可與生殖器皰疹混淆。但本病還有其它的體徵如口腔、眼部損害，可鑑別。
