首先明確病毒是否陽性(即HBV-DNA是否陽性)、肝功是否正常、肝臟影像檢查是否有肝纖維化甚至肝硬化徵像。如肝功能正常者不需特殊治療，如果肝功異常、DNA陽性的“小三陽”是需要抗病毒、免疫調節、抗炎保肝、抗纖維化和對症治療，其中抗病毒治療是關鍵，只要有適應證且條件允許，就應行規範抗病毒治療。
治療總體目標最大限度地長期抑制或消除HBV，減輕肝細胞炎症壞死和肝纖維化，延緩和阻止疾病進展，減少和防止肝失代償、肝硬化、HCC及其併發症的發生，從而改善病人的生活質量和延長存活時間。
另外，對於乙肝小三陽患者來說，要根據病因進行治療，自己不要盲目的用藥治療，以免對肝臟形成負擔，從而影響正常的生活工作和學習。對於小三陽患者而言，在治療時能選擇一個正規、專業的肝病醫院，可以有效的確保治療的安全性和有效性。
