肝囊腫的治療應視其大小、性質及有無併發症而定。直徑5cm並出現壓迫症狀者可在超聲引導下穿刺抽液,以緩解壓迫症狀。但抽液後不久囊腫又會增大,需反覆抽液。此法操作簡便,不需剖腹,對不能耐受手術的巨大肝囊腫患者仍不失為一種可行的治療方法。囊腫有感染時宜行外引流術。
當有併發症出現如囊腫破裂、囊蒂扭轉、囊內出血或囊腫巨大壓迫鄰近器官影響進食者需外科手術治療,手術治療應儘可能完全切除囊腫,如不能則做次全切除或至少切除1/3囊壁,使囊液引流入腹腔。
如膽汁進入囊腔,後一種手術則不適用,可採取囊腫-空腸吻合術。術中應造影確定有無交通,如囊腫為多房性,引流前應儘量去除其分隔。囊壁病理檢查要仔細除外惡變。