雖然男性較少會因為感染衣原體而出現併發症，但如果不加治理，病菌可能會令睪丸發炎疼痛，因而導致不育。若女性染有衣原體而處理不善，病菌可令盤腔發炎，引致不育。病菌又可以由孕婦傳染給胎兒，令胎兒的眼睛或肺部受到感染。男女患有衣原體，可引致眼睛炎、關節炎及尿道發炎綜合症。
發病率數據還未包括許多無症狀性衣原體感染。在西方估計有25-30%的男性衣原體感染尿道炎是無症狀或亞臨床的，而70-80%的女性衣原體感染宮頸炎亦是如此。對這麼大量的匿性傳染貯源必須予以治療並且根治，以杜絕感柒在社區中的傳播。
女性中隱匿性宮頸炎可以上行到上生殖道而導致併發症。的確，衣原體性內膜和輸卵管感染很大部分是亞臨床的。隱匿性輸卵管感染據認為是輸卵管性不孕症的最常見病因，在北歐和美國已得到有關數據的證實。衣原體在輸卵管性不孕症中的作用，可以從先前感染史中得到證實。許多研究表明，在有輸卵管疾病的不孕婦女中，血清抗原陽性率最著高於輸卵管無損傷的婦女。
雖然在輸卵管活檢標本中很少分離到衣原體，但衣原體抗原和核酸檢查卻己證實內膜組織中存在衣原體。在這些培養陰性但抗原陽性的病例中，輸卵管慢性炎症不可能是由於先前已經根治的感染所遺留的非複製性抗原所造成的。更有可能的是衣原體以非培養的形態殘留於組織中，但仍具有活性並且能誘發免疫病理變化。
