部分女性在服用避孕藥後可出現頭暈、噁心、月經紊亂、皮膚變差等副作用，而避孕藥副作用持續的時間因人而異，一般來說，常規避孕藥如長效避孕藥、短效避孕藥副作用可持續2-3個週期，緊急避孕藥可導致三個月的月經紊亂。
常規避孕藥的副作用較緊急避孕藥低，但服用過多或不合理服用的話也可嚴重影響到女性的健康，部分女性服藥後的副作用持續時間長，甚至出現不孕不育的嚴重後果。
緊急避孕藥一年內不宜服用超過三次，該藥除了容易導致常見的副作用外，還可出現腸胃不適、頭痛、乳房壓痛、體重微增、神經緊張、情緒低潮等副作用。部分副作用可在服藥24小時後消失，但有一些副作用會持續三個月的時間，甚至影響生育能力。所以在服用緊急避孕藥時要按規定服用，如果副作用的時間持續過長，可在醫生的建議下服用孕激素類藥物或注射黃體酮等激素來緩解。
