正常育齡婦女，在內分泌激素的作用下，陰道上皮細胞增生，其表層細胞含有豐富的糖原，非常有利於兼氧乳酸桿菌的生長，這種細菌佔陰道的90%以上。這種乳酸桿菌大量存在，就抑制了其他致病菌的生長。在陰道形成了一個正常的生態平衡。
當人體雌激素水平下降，導致陰道上皮萎縮，細胞糖原減少，不利於乳酸桿菌生長。大量使用抗生素或用鹼性液體過度沖洗陰道，抑制乳酸桿菌的生長。性亂，性交頻繁(因精液pH為7.2-7.8)等導致致病性厭氧菌和加特納菌大量繁殖，引起陰道微生物生態平衡失調。兼氧性乳酸桿菌減少。最終導致細菌性陰道病。
由於厭氧菌產生的脫羧酶，可激發加特納菌產生某種氨基酸，產生揮發性胺類，釋放出難聞的魚腥臭味，胺類使pH值升高，又抑制乳酸桿菌繁殖，粘附有細菌的陰道表皮細胞脫落，使陰道分泌物增加，從而導致本病。由於菌群紊亂，陰道炎症並不明顯，分泌物中白細胞減少，因此稱細菌性陰道病比陰道炎更恰當。[1]
