1、如果患者反覆發作，應警惕併發症，如前列腺炎等，應做相應的細菌學查，並及時治療。
2、非淋菌性尿道炎的治療時不應濫用抗生素，如絕大多數青黴素藥物對衣原體、支原體均無效，一般不應使用。
3、性伴侶如有感染應同時治療，治療期間不許飲酒，若證實為沙眼衣原體尿道炎患者，再次把尿道炎的治療療程延長到4—6周可效。
4、臨床表現與非淋菌性尿道炎的症狀不相符合，且化驗沒有查出病原體，考慮是否為神經過敏症，此時要解釋、安慰並使用安靜藥物。
5、若為滴蟲、黴菌或其他少見病，北京466醫院婦科專家指出尤其是黴菌性尿道炎的治療，不能一味加用素，否則對患者危害更大，應查清後對症治療。
6、患者是否按時、按量治療。因為非淋菌性尿道炎的治療不同於淋病能做到短期足量治療，而且服藥次數多，持續時間長，尿道炎的治療中容易因公因事而忘記服藥，或者1~2天后基本消失而停服，影響療效或復發。
7、未經治癒與性伴侶性交，病菌由未經治療的性伴侶再次傳給患者。須知有40%的非淋菌性尿道炎患者是沒有任何症狀。所以不但患者本身要治療，其性伴侶也應接受預防性的藥物治療。尿道炎的治療方法與患者相同。
