避孕藥的藥效及危害會因種類的不一樣而有所差異，一般來說，普通避孕藥不會影響到生育。因為避孕藥的作用主要是抑制卵巢排卵，1個月經週期內使用的藥物只能避孕1個月，所以停用避孕藥後卵巢會很快恢復排卵功能。
據大量的統計資料表明，連續服藥6個月的婦女 ，停藥後第1個月經週期卵巢就恢復排卵;連續服藥1年以上者，停藥1-2個月恢復排卵;連續服藥時間更長的婦女，大多數在停藥後1個月恢復排卵，98%的婦女在3個月內恢復排卵。有排卵就有可能懷孕，所以服用普通的避孕藥一般不會影響生育。
不過，緊急避孕藥就可能會對生育有一定的影響，因為緊急避孕藥一般情況下是單一的孕激素，它會導致內分泌系統紊亂。而人體是一個嚴密的整體，如果經常吃外來的激素，會對卵巢等生殖器官產生影響。緊急避孕一個月經週期中只能服藥一次，本週期服藥後性生活仍應採取其他可靠的避孕措施。
如果因為緊急避孕失敗而妊娠，出生的新生兒畸形發生率很高，應該選擇終止妊娠。緊急避孕藥一年內最好服用在三次以內，並且最好在醫生指導下使用，因為它對女性身體傷害很大，噁心、嘔吐、月經紊亂等都有可能出現。
