口腔粘膜柔嫩，血管豐富，唾液分泌量少，均有利於微生物的繁殖，導致口腔感染。
新生兒期最常見的口腔感染是白色念珠菌感染，俗稱“鵝口瘡”。主要是母親奶頭或餵奶者的手汙染引起的。表現為口腔粘膜上出現點狀或小片狀白膜，不易拭去，無疼痛感，也不影響吃奶。但當抵抗力低下時，病變可蔓延至咽喉、食管、氣管、肺等處，引起嚴重感染。因而得了“鵝口瘡”後應儘早去醫院治療。
“鵝口瘡”是可以預防的。母乳餵養時，應保持乳房及乳頭的清潔，哺乳結束時，可擠出少量乳汁，塗於乳暈部，待其自然乾燥。因乳汁有抑菌作用，可避免感染。採用人工餵養時，每次奶瓶、奶頭用後都要清洗乾淨，並煮沸消毒。其他餵奶用的物品，如小毛巾等都要與成人分開，每次用後煮沸消毒，太陽曬乾。平時大人餵奶前或接觸寶寶前都要注意洗淨雙手，做到預防為主。
新生兒口腔的上顎中間及牙齦上有的可出現黃色的小顆粒或黃色的小結節，主要是上皮細胞堆積所致，俗稱“馬牙”或“鼓氏珠”。這都是生理現象，千萬不要用棉籤擦拭或用針挑破。一般數週後會自行消退。
