1.胚胎髮育的影響
認為在 胚胎髮育的第7周，洩殖腔膜和肛膜破裂與後腸融合，此時洩殖腔膜的背側部分衍生為肛管、齒狀線和肛柱的下部，若由於某種原因造成肛膜與後腸之間發生異常融合不能形成正常齒狀線和隱窩而形成不規則齒狀線和過深隱窩，出生後容易受細菌感染和損傷形成肛竇炎、肛周膿腫和肛瘻。臨床觀察證實肛周膿腫和肛瘻患者的肛隱窩常異常加深可深達3～10mm，數目可增至3～13個健康搜索，胚胎髮育影響著肛竇的學說已為專家廣泛認可。
2.感染與損傷
肛 竇因竇底在下開口朝上，呈袋狀，引流差，容易貯藏糞便引發感染和損傷，肛竇的邊緣又有遊離的半月形鶒的肛瓣，也容易受到幹糞塊鶒的擦傷或被排便時撕裂。排便次數增多或患腸炎、痢疾、腹瀉便秘等，頻繁刺激肛竇和肛瓣。身體和局部抵抗力降低，或有周身慢性消耗性疾病，糞便和異物存積肛竇，竇道受到阻塞使肛腺分泌的肛液引流不暢，加上糞便分解，病菌繁殖，肛竇即發炎腫脹。
3.性激素的影響
與 皮脂腺一樣，肛腺的發育與功能主要受人體性激素的調節，性激素的高低直接影響著肛腺的增生與萎縮，因此性激素的水平與肛竇炎的發生有密切關係。而性激素中以雄激素的影響最大。人一生中，新生兒體內由母體帶來的雄激素較多，故肛周感染較多，一過發育成長期，隨雄激素水平下降，肛周感染有的可自愈男性及青壯年雄激素水平較高，故而肛腺感染增多，肛周膿腫常發於青壯年。老年性激素水平明顯下降，肛腺隨之萎縮因此老年很少發生肛竇炎及肛周感染。
4.肛竇炎並因的中醫解讀
肛竇炎多因飲食不節，過食遊酒厚昧和辛辣等刺激性食物，或因洩瀉和痢疾等溼熱之邪下注肛門，或因腸燥便秘、蟲積騷擾，以致肛門破損、感染而成。
肛竇本身易被堵塞，一旦受感染，就不易被清除。糞便積存肛竇內時，利於細路的侵入和繁殖，從而導致受侵犯的肛竇產生炎症、水腫及滲山液增多。炎症繼續向外擴散到肛腺周圍，肛瓣和肛乳頭常因受刺激而充血、水腫或增生肥大。
