晚期如果不治療，只是做好日常的護理，平均壽命只有3-6個月。國內有資料顯示：自出現低濃度AFP至亞臨床肝癌(早期)確診;自亞臨床期至出現臨床症狀 (中期);自有臨床症狀至黃疸、腹水或遠處轉移或惡液質(晚期);自晚期至死亡，其中間隔時間分別為10個月、7個月、4個月、2個月。因此其自然病程大約為24個月。影響肝癌預後的主要因素就是高複發率，研究表明，肝癌術後5年的複發率可以高達75%以上。肝癌的復發大多數在術後一年內。
肝癌如果小於2公分，可以切除做根治手術，文獻報道其5年生存率多在50%左右，癌症結節越小，生存率越高，部分極早期患者甚至可以達到根治。根據上海東方肝膽外科醫院統計，自1999—2003年共進行了6446例肝癌手術切除，病人1、3、5年生存率分別為85. 9%、64. 6%和53. 2%。如果已經發展到晚期或是患者不能耐受手術，只能採用化療或放療，平均壽命多不到2年。經過統計，肝癌從診斷開始，80%患者已經失去了手術機會。
