1、卵巢過度刺激綜合徵：由於人工授精前要促排卵治療，所以可能發生卵巢過度刺激綜合徵。
2、可能會出現異常的妊娠結局：人工授精的多胎妊娠發生率可達20%，宮外孕約2% ~8%，自然流產率為20% ~30%。
3、可能出現盆腔感染：由於要用細管將優化的精液打入子宮，會增加子宮及輸卵管感染的機會。操縱時會帶入細菌，處理精液時也可能導致細菌汙染。
4、出血和損傷：多因宮腔插管困難或操縱粗暴所致，所以首先選擇軟硬適度的授精管，操縱者做到輕、穩、準，避免損傷宮頸管及子宮內膜造成出血，以免影響授精效果。
5、下腹疼痛：夫婦間新鮮精液人工授精時注入精液過快、過量，尤其是注入宮頸內精液，可誘發下腹痙攣性疼痛。
6、人工授精的成功率並不很高，只有40%的母親成功懷孕，能生下孩子的比例僅在10%到15%之間。
除此之外，誰才是孩子真正的爸爸，法律規定妻子的丈夫是孩子的爸爸，但是捐精者是孩子遺傳上的爸爸。這對於要進行人工授精的妻子和丈夫一場嚴重的心理考驗，這同樣也是人工授精的弊端，必須要進行周密的考慮後，才可以決定是否有必要進行人工授精。
