(一)藥物治療
急性扁桃體炎有傳染性，應適當隔離。因本病多為鏈球菌感染，身應用抗菌素及磺胺類藥物，療效較好。抗生素首選青黴素，青黴素過敏者可選用紅黴素、林可黴素等。高熱頭痛及全身痠痛者可選用阿司匹林等解熱鎮痛劑。經2—3日治療後如病情無好轉，則應考慮是否病毒或其他細菌感染，改用抗病毒藥、敏感抗生京或磺胺類藥物，可酌情使用腎上腺皮質激素，如潑尼松、地塞米松等。此外，應注意休息、通大便、多飲水、冷流食，並給適量退熱止痛藥、漱口藥水等，多數患者可在1周左右恢復。急性化膿性扁桃體炎：全可用朵貝爾氏液含漱，4小時1次。兩側下頜角部位熱敷或超短波透熱理療有消炎作用。
(二)手術治療
慢性扁桃體炎尚無肯定有效的保守療法，但中藥、扁桃體局部用藥、冷凍、理療等皆有人試用。也可進行扁桃體切除術。過去，為防止扁桃體病灶引起嚴重併發病，扁桃體切除術甚為普遍。近年由於認識到扁桃體具有免疫功能，對切除扁桃體是否有益發生爭議。故手術已較前有所減少。對手術適應症、手術效果及切除扁桃體是否會影響機體免疫功能等也存在不同見解。據近年研究，扁桃體參與體液免疫和細胞免疫，可以產生合成各種免疫球蛋白的B淋巴細胞。
因此有人認為切除扁桃體可以影響局部免疫功能，但對全身免疫功能無影響。以下情況可以行扁桃體切除術：
①反覆急性發作或有扁桃體周圍膿腫史者;
②可能是引起其他部位病變的原發病灶;
③影響正常呼吸或吞嚥功能。為防止對免疫功能有不良影響，一般在6歲以前不行扁桃休切除術。影響吞嚥及呼吸者，可以切除一側扁桃體，以解除功能障礙。有出血傾向，繼發病活動期手術可能造成繼發病惡化以及病人健康條件不允許時，則不應手術。
扁桃體切除主要有兩種方式，即剝離法和擠切法。剝離法對周圍組織損傷小，可以適用於各種情況，故為多數醫生採用。擠切法的最大優點是快，手術可在1～2分鐘完成，但對粘連多、有過扁桃體周圍膿腫史及可能有血管異常者不宜採用。扁桃體手術本身也可出現併發症，如術後出血、感染、局部損傷等。少數病例術後可出現咽乾、咽部淋巴組織代償性增生等。
手術效果與適應症的選擇是否恰當，手術操作的好壞及病人的生理、心理狀態有關。就疾病本身而言，反覆急性發作，扁桃體肥大而致影響正常生理功能，扁桃體周圍膿腫和扁桃體良性腫瘤等，療效肯定。對合並有腎炎、風溼病、低燒等全身性疾病者，其療效則各家說法不一。扁桃體切除僅是將一個可能的致病原因去除，對其他部位的器質性病變並無作用，也不能影響其他的致病因素。
