1.病原治療
病毒性腸炎一般不需病原治療，可自愈。細菌性腸炎，最好根據細菌藥物敏感試驗結果選用抗菌藥。患細菌性痢疾時，因痢疾桿菌對常用抗菌藥廣泛耐藥，一般可選用複方磺胺甲基異唑(複方新諾明)、吡哌酸、慶大黴素、丁胺卡那黴素等。空腸彎曲菌腸炎可用紅黴素、慶大黴素、氯黴素等治療。耶爾森小腸結腸炎桿菌腸炎一般應用慶大黴素、卡那黴素、複方磺胺甲基異唑、四環素、氯黴素等。沙門菌腸炎輕型病人可不用抗菌藥，重型病人可用氯黴素或複方磺胺甲基異唑。侵襲性大腸桿菌性腸炎用新黴素、粘菌素和慶大黴素等治療，可獲良好效果。阿米巴痢疾、雅爾氏鞭毛蟲和滴蟲引起的腸炎，可用甲硝噠唑(滅滴靈)治療。血吸蟲病可用吡喹酮治療。白色念珠菌腸炎以制黴菌素口服，療效較好。伴有全身性真菌感染者，則需應用二性黴素B治療。
2.對症治療
補充液體及糾正電解質和酸中毒。輕度脫水而且嘔吐不重者，可口服補液，WHO推薦的口服液配方為氯化鈉，碳酸氫鈉，氯化鉀，葡萄糖或蔗糖,加水。脫水或嘔吐較重者，可靜脈輸入生理鹽水、等滲碳酸氫鈉和氯化鉀溶液以及葡萄糖。
減少腸道蠕動和分泌性藥物。可小量應用阿托品、顛茄、普魯本辛以減輕腸道蠕動，可止痛及止瀉。也可應用氯丙嗪，有鎮靜作用，並可抑制腸毒素引起的腸黏膜過度分泌，使大便次數及便量減少。
