抗病毒治療對肝硬化早期的病人更有效，對失代償期的肝硬化病人效果較差。如果使用核苷類抗病毒藥物進行治療，必須徵得病人的同意，並由專業醫生密切監測。患者不應自行服藥，因為在病毒變異或任意停藥的情況下可能會出現嚴重後果。
肝硬化患者在接受抗病毒治療時，不應拒絕使用原來使用的其他綜合療法，尤其是失代償期的肝硬化患者，不應忽視通常採取的補充血漿和白蛋白等治療措施；肝硬化患者如有感染跡象，應給予額外的抗生素以減少內毒素血癥對肝臟的影響。
肝硬化患者必須將抗病毒治療堅持到底，不能輕易停止治療。此外，應至少每治療3個月進行一次檢測，特別是對容易造成腎臟損害的嚴重患者，以加強對治療的監測。
大量的臨床研究證實，即使是小劑量的干擾素也會導致一系列的不良反應，如一些患者的肝炎發作或嚴重的細菌感染，出於安全考慮，干擾素在失代償期乙肝肝硬化患者中是絕對禁忌的。根據亞太肝臟協會（APASL）慢性乙型肝炎管理指南和美國乙型肝炎治療指南：對於肝功能失代償或即將失代償的患者，替比夫定、恩替卡韋和阿德福韋都可用於初始治療。由於這類患者需要長期抗病毒治療，應密切監測與耐藥性有關的所有指標，一旦出現耐藥性突變，應及時採取措施。
