1)局部損傷。小而活動度大的結石，對局部組織的損傷很輕，大而固定的鹿角狀結石可使腎盞、腎盂上皮細胞脫落，出現潰瘍、纖維組織增生、中性粒細胞和淋巴細胞浸潤，以致纖維化。移行上皮細胞長期受結石刺激後，可發生鱗狀上皮細胞化生、甚至可引起鱗狀上皮細胞癌，因此應做尿脫落細胞學檢查。
2)腎臟受損。如果任憑結石發展，最後可會發展為腎臟功能衰竭，即常說的尿毒症。其次，輸尿管結石如果堵塞輸尿管後，腎臟內的尿液不能順利排出，就會導致腎臟積水，尿液長期積存在腎臟內，繼發感染，甚至出現尿毒症，威脅患者生命。
3)尿路感染。這是腎結石最常見的繼發損害，也是繼發腎損害的主要原因。腎結石致泌尿系管腔內堵塞可造成梗阻部位以上的積水。腎結石造成腎盂積水過久，排尿受阻，梗阻以上部位承受壓力過大，腎臟血流減少，可發生腎小管變性、壞死，腎萎縮變小，使腎功能下降或完全失效。
