其發病與輸卵管炎症、輸卵管手術、宮內節育器放置、輸卵管發育不良或功能異常、受精卵遊走及輸卵管周圍腫瘤壓迫等有關。
1.慢性輸卵管炎
臨床上可分為輸卵管粘膜炎和輸卵管周圍炎，兩者均為宮外孕的常見病因。嚴重的輸卵管粘膜炎可使輸卵管完全堵塞致不孕，輕者使粘膜皺襞粘連導致管腔變窄，蠕動不良而影響受精卵在輸卵管內的正常運行，致使中途受阻而在該處著床。輸卵管周圍炎病變主要在輸卵管的漿膜層或漿肌層，炎性滲出造成輸卵管周圍粘連，致使輸卵管扭曲，管腔狹窄管壁蠕動減弱，從而影響受精卵的運行。
2.輸卵管手術
各種形式的輸卵管絕育，若形成輸卵管瘻管或再通，均有導致輸卵管妊娠的可能。而輸卵管絕育術後的吻合復通術或輸卵管成行術，均可能因管腔狹窄而導致輸卵管妊娠。
3.宮內節育器放置
隨著宮內節育器的廣泛應用，異位妊娠的發生率增高，這可能與放置後引起的輸卵管炎有關。
4.輸卵管發育不良或功能異常
輸卵管發育不良常表現為輸卵管過長、肌層發育差、粘膜纖毛缺乏。雙輸卵管、憩室或有副傘等，均可成為輸卵管妊娠的原因。
5.受精卵遊走
一側卵巢排卵，若受精卵經宮腔或腹腔向對側輸卵管移行，則稱為受精卵遊走。受精卵由於移行時間過長，發育增大，即可在對側輸卵管內著床發展成輸卵管妊娠。
6.其他
輸卵管周圍腫瘤如子宮肌瘤或卵巢腫瘤，由於壓迫到輸卵管，影響輸卵管的通暢，使受精卵運行受阻。子宮內膜異位症、既往異位妊娠史、助孕技術等亦與異位妊娠的發病相關。
7.病理生理
(1)輸卵管妊娠流產：多見於輸卵管壺腹部妊娠，多在妊娠8~12周發病。若整個胚囊完全自輸卵管粘膜層剝離，經輸卵管逆蠕動排到腹腔，即為輸卵管妊娠完全流產，出血不會太多，流產發生後腹痛將會緩解。若胚囊剝離不完整，仍有部分附著於管壁上，則為輸卵管不完全流產，滋養細胞繼續生長侵蝕輸卵管壁，導致反覆出血，形成輸卵管血腫或其周圍血腫，出血積聚於子宮直腸陷窩，甚至留至腹腔。
(2)輸卵管妊娠破裂：受精卵著床於輸卵管粘膜皺襞間，隨著囊胚生長髮育絨毛向管壁方向侵蝕肌層及漿膜，最後可穿透漿膜，形成輸卵管妊娠破裂。輸卵管肌層血運豐富，破裂造成迅速、大量出血，在盆腔或腹腔內形成血腫，處理不及時可發生休克。
輸卵管間質部是自子宮角部延續而來，肌層較厚，如果受精卵在此著床併發育，可維持到妊娠月份較大時才出現症狀，由於此處血運豐富，一旦破裂，出血兇猛，症狀極為嚴重。
(3)繼發性腹腔妊娠：輸卵管妊娠或破裂，胚囊從輸卵管排到腹腔或闊韌帶內，多數死亡，偶爾胚囊存活，絨毛組織附著於原來部位或排至腹腔後重新種植而獲得營養，胚胎繼續發育形成繼發性腹腔妊娠。若破口在闊韌帶內，可發展為闊韌帶妊娠。
8.子宮的變化
輸卵管妊娠和正常而妊娠一樣，由於滋養細胞產生激素，月經停止來潮，子宮增大變軟，約有1/4的患者子宮增大如同宮內孕，如果異位妊娠的胎兒存活並繼續生長髮育，子宮可被推向一側。子宮內膜亦受激素影響而發生蛻膜反應，蛻膜排出時患者會出現腹痛，組織學檢查未見絨毛，有時可見Arias-Stell反應。
