HPV疫苗分為預防型和治療型疫苗。
1.目前有兩種類型的預防性疫苗，一種是默克公司生產的四價疫苗（針對HPV 6、11、16和18型），另一種是二價疫苗（針對HPV 16和18型）
預防性疫苗對HPV暴露的高風險人群非常有益，可以防止感染和再感染。在不同的臨床試驗中，該疫苗已被證明對HPV相關類型引起的宮頸和陰道外陰的腫瘤和癌前病變提供95%以上的保護。
該疫苗目前在全世界100多個國家使用，在美國和大多數歐洲國家是免費的。世衛組織已批准HPV疫苗進入發展中國家，並進行適當的質量預審，在中國香港和中國臺灣地區是自費的，目前還沒有批准在中國大陸使用。預防性疫苗對已建立的感染相關病變沒有治療作用，因為在HPV感染相關的癌前病變和惡性腫瘤細胞中，病毒序列往往以整合形式存在，晚期蛋白基因往往被破壞和丟失，使得晚期蛋白的檢測變得困難。
默克公司正在研究第二代預防疫苗，它可以覆蓋更廣泛的HPV類型。當HPV16和18型被抑制後，其他HPV致癌型會不會重新出現，取代原來的HPV16和18型，再次成為世界上流行的HPV致癌型，所以我們仍然需要篩查其他HPV型。
因為現在對HPV疫苗進行臨床評估的有效終點是宮頸上皮內瘤變（CIN1I/III）和原位腺癌（AIS），所以目前HPV疫苗的免疫原性、交叉保護、病毒變異和對特定HPV類型的保護時間仍然需要密切監測。
而當預防性疫苗被大規模推廣時，需要提高人群的認知度，並重新評估疫苗的安全性。
2.治療性疫苗能引起特定的細胞免疫，從而阻止病變的發展，清除病變甚至惡性腫瘤
治療性疫苗主要是針對感染相關病變細胞中的高水平E6和E7蛋白進行。主要目的是誘導產生對癌症蛋白的特異性細胞免疫反應，現有的治療性疫苗研究通常以E6 , E7蛋白為基礎，有各種形式，包括病毒/細菌載體疫苗、肽或蛋白疫苗和DNA疫苗。由於腫瘤免疫治療的複雜性，目前還沒有有效的治療性疫苗。
