1.感染
包括細菌感染,如化膿性腦膜炎、腦膿腫,由各種化膿菌引起;病毒感染，如流行性乙型腦炎病毒引起的流行性乙型腦炎、B型庫克薩基病毒引起的流行性胸痛、脊髓灰質炎病毒引起的脊髓灰質炎，庫魯病或屬慢病毒感染而亞急性硬化性全腦炎可能由麻疹病毒的突變株引起;寄生蟲侵染，如腦型瘧疾、腦型並殖吸蟲病、腦型囊蟲病;真菌感染，如白色念珠菌性、隱球菌性腦膜炎;鉤端螺旋體也可致腦膜腦炎。一部分癲癇的病因是腦膜或大腦皮質感染後局部瘢痕形成為病灶。
2.中毒
包括金屬中毒，如鉛中毒可致外周運動神經麻痺、鉛中毒性腦病，汞、砷、鉈中毒也影響神經系統;有機物中毒，如酒精中毒、巴比妥類中毒可抑制中樞神經系統，有機磷中毒使膽鹼能神經過度興奮;細菌毒素中毒，如肉毒中毒可致顱神經麻痺和四肢無力，白喉毒素可致神經麻痺，破傷風毒素可致全身骨骼肌強直性痙攣;動物毒(腔腸動物、貝類、毒蚊、蜘蛛、河豚等所含毒素)也可致神經症狀(肌肉軟弱、癱瘓、抽搐、共濟失調等)。
3.遺傳缺陷
許多影響神經系統的代謝病(如苯丙酸尿症、糖原貯積病、粘多糖病、脂質貯積病)、變性病(如腦白質營養不良、帕金森氏病、肌萎縮側索硬化、遺傳性視神經萎縮等)和肌病(如進行性肌營養不良)是遺傳病。多為常染色體隱性遺傳。而高、低血鉀性週期性癱瘓為常染色體顯性遺傳。
