在母親妊娠期間，當胎兒頜骨內的牙胚處在發育初期和細胞增殖階段時，任何阻礙牙胚發育和細胞增殖因素，都可能影響牙胚的發育，使牙胚停止生長，造成牙齒缺失。這些因素包括：
1、牙胚發育初期母體內營養障礙如鈣、鐵、蛋白質缺乏或內分泌失調。
2、如牙胚發育早期受到x線照射，則受照側牙齒可能缺失。
3、致病微生物感染，如：風疹病毒、梅毒螺旋體感染等。
4、多數牙缺失和全口牙缺失常與遺傳有關，並伴有全身其它部位的的異常。如遺傳性外胚葉發育不全，是一種全身性的先天畸形。其主要表現為：皮脂腺和汗腺缺乏，皮膚乾燥，少汗或無汗以及毛髮稀疏，體毛少或無;鼻樑塌陷呈鞍狀;牙齒部分缺失或全部缺失等。
