1、對於病人來說，感染尖銳溼疣可能存在有3種不同的狀態，即肉眼可見向外生長的疣組織;肉眼不能見，只能在顯微鏡下才能見到有病變的亞臨床感染;尚未出現病變，但組織表面攜帶有病毒，只能用分子雜交技術如多聚酶鏈反應法才能測出病毒。臨床治療時，醫生只能清除掉肉眼能看見的那部分疣組織，其他尖銳溼疣感染狀態在治療後的一段時間裡發展成肉眼能見的疣組織。女性生殖道對病徵具有隱蔽性的特點，沒有得到及時的診斷，往往會長期忍受病痛之苦，造成尖銳溼疣的泛發，如不徹底治療，危害更大。
2、尖銳溼疣的病變過程主要發生在上皮組織內，病毒也只侷限於上皮組織層內，人體皮膚黏膜的免疫系統存在於上皮下的真皮層內，由於上皮組織的基底層的阻隔，真皮內免疫系統不能與表皮內尖銳溼疣病-毒顆粒接觸而建立起有效的免疫應答反應，因而使得尖銳溼疣久治不愈，這種情況同樣見於青年人面部的扁平疣及手上的尋常疣。
3、再感染，夫妻一方治癒了，而另一方是亞臨床感染或病毒攜帶者，通過性生活又可被傳染上，醫學上叫作“打乒乓球”狀態，導致反覆感染。
