一、肝癌的預後最主要取決於病期的早晚 如切除2釐米無器官侵犯的小肝癌灶，5 年存活率可達60%-100%，而已有症狀的手術後5年存活率低於20%。因此關鍵是早期發現肝癌。
二、治療與預後 早期手術治療是根本的方法。目前早期對小肝癌行肝葉切除，可有根治的希望。根據腫瘤部位和大小，選擇手術方式也是保證手術成功的重要環節。一般術後複發率40%-60%，因此術後需要配合化療，才可能達到根治的目的。原發性肝癌早期不易被發現，因此70%的病人發現肝癌時已失去手術機會。目前非手術治療5年存活為20%。治療方案的選擇對預後有很大影響，採用聯合或序貫方案治療可望得到較好的療效。對於失去術手機會的病人宜實行肝動脈化療栓塞。如與放療方法結合應用，3年存活率可達60%。-另外，肝移植術後應用環孢素A抑制免疫排斥反應，在無淋巴系統轉移的病人，5年存活率可達60%，但有轉移者僅為15%。
三、機體的免疫功能 細胞免疫功如T細胞、淋巴因子激活細胞(LAK)、自然殺傷細胞(NK)等，它們的活性和腫瘤周圍淋巴細胞浸潤的程度是人體抗腫瘤的防禦屏障。免疫功能正常，則預後較好。癌前期細胞的惡化轉化所產生的轉肽酶(γ-GT)和鹼性磷酸酶(ALP)明顯升高者，術後複發率高。胎甲球(AFP)1000微克/升者，1年存活率為100%;AFP<5000微克/升者，1年存活率為75%;AFP>5000微克 /升，1年存活率為51.3%。
四、發現肝癌時肝功能的狀態決定預後 據國內綜合不同地區的統計資料，肝細胞癌病人中有70%-80%合併肝炎後肝硬化，另有10%-30%肝癌病人僅伴慢活肝。因此，肝功能狀態對治療及預後很重要。在224例病人調查中發現：血清膽紅素>17.1微摩爾/升者，2年存活率為5%;膽紅素>34.2微摩爾/升者，無一例生存1年。伴失代償期肝硬化時，肝癌早期即可能死於肝功能衰竭。因此，發現肝癌時原有肝病越重，治療效果越差，病死率越高。
五、肝癌病理與預後 一般認為，癌腫小者，生存率高。癌的面積>10釐米，1年生存率為37.5%;癌的面積<10釐米，1年生存率為63.2%。癌的分化程度低者，惡性程度高，容易發生轉移現象，導致短期內死亡。單一小肝癌較多發癌結節者5年存活率高10倍。生長速度快，門靜脈內已有癌栓形成者，5年存活率為4.8%，無癌栓形成者存活率為50%。腫瘤生長不規則，外無包膜者均提示預後不良，即使手術效果也不會很好。病理上腫瘤為透明細胞癌、纖維板層型癌生長較慢，癌包膜完整，或癌纖維組織量多，在一定程度上限制了癌轉移和擴散的，預後好。
