由於目前沒有特效的抗病毒藥物，尖銳溼疣的治療必須採用綜合治療。
治療原則，注意患者是否同時有淋球菌、衣原體、支原體、滴蟲、黴菌等病原體感染，如有應同時治療。患者配偶與性伴若有尖銳溼疣或其他性病，應同時治療。治療期間避免性生活。
一般只要堅持規則的綜合治療都可治癒。
1、手術療法
對於單發、面積小的溼疣，可手術切除;對巨大尖銳溼疣，可用Mohs氏手術切除，手術時用冷凍切片檢查損害是否切除乾淨。
2、冷凍療法
利用-196℃低溫的液體氮，採用壓凍法治療尖銳溼疣，促進疣組織壞死脫落，本法適用於數量少，面積小的溼疣，可行1-2次治療，間隔時間為一週。
3、激光治療
通常用CO2激光，採用燒灼法治療尖銳溼疣，本療法最適用女陰、陰莖或肛周的溼疣。對單發或少量多發溼疣可行一次性治療，對多發或面積大的溼疣可行2-3次治療，間隔時間一般為一週。
4、電灼治療
採用高頻電針或電刀切除溼疣。方法：局部麻醉，然後電灼，本療法適應數量少，面積小的溼疣。
5、微波治療
採用微波手術治療機，利多卡因局麻，將桿狀輻射探頭尖端插入尖銳溼直達疣體基底，當看到就體變小、顏色變暗、由軟變硬時，則熱輻射凝固完成，即可抽出探頭。凝固的病灶可以用鑷子挾除。為防止復發，可對殘存的基底部重複凝固一次。
6、β-射線治療
我們應用β-射線治療尖銳溼疣取得了較為滿意的效果，該方法療效高，無痛苦、無損傷、副作用少，複發率低，在臨床上有推廣價值。
7、藥物療法
(1)足葉草脂：本療法適用溼潤區域的溼疣，例如發生於包皮過長而未曾作包皮環切除手術的龜頭及會陰部的溼疣。但對宮頸尖銳溼疣不能用足葉草脂治療。用20%足葉草脂酊劑塗到皮損處或用藥前，先有油質抗菌藥膏保護皮損周圍的正常皮膚或粘膜 ，然後塗藥，用後4-6小時，用30%硼酸水或肥皂水清洗，必要時3天后重複用藥，該藥是國外用於本病治療的首先藥，一般用一次可愈。但有很多缺點，如對組織破壞性大，使用不當可引起局部潰瘍。毒性大，主要表現為噁心、腸梗阻、白細胞及血小板減少，心動過速、尿閉或少尿，故使用時必須謹慎，發現上述反應時，應立即停藥。
(2)抗病毒藥：可用5%酞丁胺霜劑，或用0.25%皰疹淨軟膏，每日2次，外塗。無環鳥苷口服，每日5次，每次200mg，或用其軟膏外用，α-干擾素每日注射300萬單位,每週用藥五天。或干擾素300萬單位注入疣體基部，每週2次。連用2-3周，主要副作用為流感樣綜合症，局部用藥副作用較少且輕微。
(3)腐蝕劑或消毒劑：常用有30%-50%三氯醋酸或飽和二氯醋酸，或18%過氧乙酸。用10%水楊酸冰醋酸或40%甲醛、2%液化酚、 75%乙醇蒸餾水100ml混合溶液，點塗局部，用於龜頭、肛周溼疣，每日或隔日一次，效果甚好。消毒劑可用20%碘酊外塗，或2.5-5%碘酊注射於疣體基部，每次0.1-1.5ml，或用新潔爾滅外塗或以0.1-0.2%外敷，後者需配合全身療法。
