(1)生殖器官等異常
①先天異常：睪丸的先天性發育異常包括無睪症、曲細精管發育不全(Klinefelter)、XYY綜合徵、男性假兩性畸形等。Klinefelter綜合徵染色體核型多為47，XXY;患者乳房女性化;睪丸小而硬，曲細精管玻璃樣變和纖維化，精子發生完全停止或嚴重減少。睪丸下降異常也是男性不育的重要原因。睪丸下降異常時曲細精管內生殖細胞的數目減少，睪丸體積縮小，重量也下降。睪丸在腹壁或腹腔內的位置越高，則曲細精管的損傷越大。雙側睪丸下降異常患者如不治療，生育的可能性很小。
②輸精管梗阻：輸精管、精囊先天性缺如，特徵是精液量少，常不足1ml，精漿無果糖;炎症性梗阻，如雙側附睪結核;射精管梗阻較少見。手術損傷或輸精管結紮等;以及前列腺炎、精囊炎均可引起精液質量明顯下降。
③精索靜脈曲張：可導致睪丸血液淤積，有效血流量減少，生精的正常微環境遭到破壞，最終使精原細胞退化、萎縮，精子生成減少，活力減弱，畸形精子增多，嚴重者可無精子。
④雄激素靶器官病變，分兩種類型：完全性如睪丸女性化;不完全性如Reifenstein綜合徵。(
2)內分泌異常
①主要原因是促性腺激素合成或分泌功能障礙。Kallmann綜合徵又稱選擇性促性腺功能低下型性腺功能減退症，為下丘腦GnRH脈衝式釋放功能障礙，是常染色體隱性遺傳病。臨床特徵是性成熟障礙，伴有嗅覺喪失，睪丸小、睪丸下降異常、小陰莖及尿道下裂。血清睪酮水平低，LH和FSH水平處於同年齡組正常值下限。
②選擇性LH缺陷症：患者血清FSH水平正常，LH和睪酮水平低下，男性化不足，乳房發育，但睪丸大小正常，精液內有少量精子，故又稱“生育型”無睪綜合徵。
③垂體瘤對LH的分泌影響最為明顯，垂體瘤是高泌乳素血癥的最常見原因，PRL過高可導致患者性慾減退、勃起功能障礙、乳房發育溢乳以及生精功能障礙。
④腎上腺皮質增生症中常與不育相關的是21-羥化酶缺陷，皮質激素合成減少，引起ACTH增加，腎上腺皮質受到ACTH的過度刺激而合成大量睪酮，後者抑制垂體促性腺激素的分泌，從而導致不育。
(3)性功能障礙包括性慾減退、勃起功能障礙、早洩、不射精和逆行射精等，精液不能正常射入陰道。
(4)免疫因素分為兩類，由男性產生的抗精子自身免疫和由女性產生的抗精子同種免疫。精子與免疫系統由於血睪屏障的作用而隔離，故無論對男性或女性，精子抗原為外來抗原，具有很強的抗原性。血睪屏障及精漿內免疫抑制因子等因素共同建立了一套完整的免疫耐受機制，當發生睪丸炎、附睪炎、前列腺炎、精囊炎，或行輸精管結紮等手術後，上述免疫耐受機制被破壞，即可能發生抗精子免疫反應。
(5)感染因素腮腺炎病毒可引起睪丸炎，嚴重者可引起永久性曲細精管破壞和萎縮而發生睪丸功能衰竭;梅毒螺旋體也可以引起睪丸炎和附睪炎;淋病、結核、絲蟲病可引起輸精管梗阻;精液慢性細菌感染，或支原體、衣原體感染可使精液中白細胞計數增多，精液質量降低，未成熟精子增加
(6)理化因素與環境汙染生精上皮為快速分裂細胞，故易受理化因素損害。
(7)藥物手術史鴉片類藥物，抗癌藥物，化療及抗高血壓藥物等可直接或間接影響精子生成。既往盆腔手術史、膀胱、前列腺手術史有可能引起射精功能減退;疝修補術或睪丸固定術有可能影響精索或睪丸供血。
(8)不明原因的不育男性不育中約31.6%的患者經過目前常用的檢查方法仍不能查出確切病因。
