1、HCV直接殺傷作用：HCV在肝細胞內複製干擾細胞內大分子的合成，增加溶酶體膜的通透性而引起細胞病變;另外，HCV表達產物(蛋白)對肝細胞有毒性作用，在體外表達HCV某些蛋白(如包膜蛋白)時，發現它們對宿主菌或細胞有毒性作用。
2、宿主免疫因素已證實肝組織內存在HCV特異細胞毒性淋巴細胞(CD8+T細胞)，可攻擊HCV感染的肝細胞。另外，CD4+Th細胞被致敏後分泌的細胞因子，在協助清除HCV的同時，也導致了免疫損傷。
3、自身免疫，HCV感染者常伴有自身免疫改變，如膽管病理損傷與自身免疫性肝炎相似;常合併自身免疫性疾病，血清中可檢出多種自身抗體，如抗核抗體、抗平滑肌抗體、抗單鏈DNA抗體、抗線粒體抗體等，均提示自身免疫機制的參與。
4、細胞凋亡：正常人肝組織內無Fas分子的表達HCV感染肝細胞內有較大量的Fas表達，同時，HCV可激活CTLFasL五，Fas和FasL是誘導細胞凋滅亡的膜蛋白分子，二者結合導致細胞凋亡。
