容易復發，治療時間長
一般來說，尖銳溼疣復發最常出現於治療後3個月內，隨著時間的延長，病人傳染性降低，復發的可能性亦降低。患者經治療後6個月不復發，就算臨床治癒了。如果治療後一年不復發，那麼以後復發的可能性極小，傳染的可能性也極小。因此，治療後的第3個月是道“坎”，在這期間患者要隨時去醫院檢測病情，合理用藥，不要盲目地換藥。
導致不育，影響家庭和諧
尖銳溼疣徹底治癒後無傳染性，不影響懷孕和生育。患者經正規治療後，如果症狀消失，一年後不復發，即可考慮結婚、生育。
難以根治，病情反覆發作
尖銳溼疣的病原體為人乳頭瘤病毒，它們通常不進入血液，在進入人體後可潛伏於表皮基底層，然後隨著表皮複製進入細胞核內，引起細胞的分裂，同時形成臨床所見的皮損。治療後有些患者反覆發作，這可能與亞臨床感染、潛伏感染或再感染有關，經多次治療，大都可控制復發，也有少數長期帶病毒的患者，經一段時間後，病毒可隨機體免疫狀態的改善而被抑制乃至消失。
傳染性強，可以通過性關係傳播
研究證實大於40%的患者配偶同時患有尖銳溼疣，20%—30%患者合併有其他性病，這表明尖銳溼疣主要是通過性關係傳播的，但也有相當部分患者的配偶或性伴侶並未發生皮損，這可能與受染者的免疫狀況有關。尖銳溼疣患者的1次性接觸感染率高達60%，好發於性生活易破損的部位。但是臨床上不是所有的接觸者都發生尖銳溼疣，這可能與接觸的病毒數量和患者病期有關。
