專家表示，這是黑素細胞或前體在向表皮移行過程中停滯於局部所致。50%的色素斑為先天性，其餘出現10歲之後。大部分學者認同這是一種常染色體顯性遺傳病。但亦有學者持不同意見。但是在臨床治療中，太田痣遺傳的可能性佔了將近一半，即使不是所有的太田痣都有遺傳性，但其存在可能性，這要引起大家的重視。太田痣皮損多分佈在三叉神經第一、二支區域。按神經分佈的特點提示黑素細胞可能來源於局部的神經組織。
當細胞分佈於真皮淺層時，常呈淡棕色或棕色;分佈於真皮深層時，表現為藍色或灰黑色，同一顏色的深淺又與黑色素細胞的分佈密度有關。進行治療時，這一規律對判斷預後及治療次數十分有用。太田痣與惡變無明確的關係。
對於那些一出生就有或出生不久就發生的太田痣患者來說，通常在4-5歲左右時和12-14歲時，太田痣會波動一次，也就是說在這個時期，太田痣會長大一些，或者顏色會變深一些，以後較為穩定。對於以後發生的太田痣患者來說，他們通常在4-5歲或12-14歲左右時長出太田痣，當然也有更晚一些才長出太田痣的。
太田痣的顏色可有一定的變化，如夏季顏色較深，冬季較淺，情緒對顏色也有影響。太田痣的臨床表現變化較大，輕者可以只表現為眼眶周圍的淡褐色的點狀或片狀色素斑，重的可表現為單側面部或雙側面部的褐色，青褐色或青黑色色素斑。
