目前尚不能達到徹底清除病毒、消除復發的效果。生殖器皰疹治療費用差別很大，無特別的參考意義，如果是反覆發作者，治療費用需要上萬。頻發覆發者則需以較低的劑量服用較長時間的療程。雖然生殖器皰疹不能根治，但治療可以縮短病程，減少復發。預防性口服阿昔洛韋(400mg，2次/日)可減少復發，可連續用藥5年以上。預防性治療的複發率比間歇性治療低。
生殖器皰疹的預防：
ACV有預防作用。在無症狀排毒期，陰莖套可能減少疾病的傳播，但出現生殖器損害時，使用陰莖套也不能避免傳播，此時應避免性生活。患者應注意休息，避免飲酒和過度性生活，出現臨床表現時應避免性生活。妊娠期HSV如在分娩前出現病情活動，應行剖宮產。
生殖器皰疹的治療：
(一)一般治療
(1)局部止痛可用局麻藥物，如5%的鹽酸利多卡因軟膏，但有些病人仍需口服止痛藥。
(2)如有細菌繼發感染，則需用適當的抗生素。
(二)藥物治療
1.阿昔洛韋：目前僅有阿昔洛韋一種藥確定有效，而其他藥物尚在考察階段。阿昔洛韋是鳥嘌呤的類似物，作用於胸苷酶，是病毒DNA聚合酶的抑制物，同時是鏈的終止正物，選擇性作用於病毒。一般情況下，靜脈或口服用藥對初發階段的生殖器皰疹均有效。口服阿昔洛韋對復發的生殖器皰疹可起到預防和治療的作用。但在阿昔洛韋治療有效的同時也增加了無症狀的病毒排出或看不見的性伴侶傳播。
口服(200mg，每天5次，5～10天)和靜脈注射阿昔洛韋(5～10mg/kg，1次/8小時，5～7天)治療初發生殖器皰疹的效果比局部用5%的阿昔洛韋軟膏好得多。口服比靜脈費用低。對初發性生殖器皰疹來說，任何形式的阿昔洛韋治療都能使病毒排出加快，皮痂形成時間縮短，皮損癒合時間減少，疼痛減輕，但只有口服或靜注用藥方可減少尿液異常、生殖器溢液、系統症狀及新皮損的出現和發展。曾用過阿昔洛韋治療的原發生殖器皰疹患者，不影響複發性生殖器皰疹的發展。
局部用藥治療復發的生殖器皰疹幾乎無效。然而，口服阿昔洛韋對減少病毒排出時間.減少復發和皮損形成仍有很好的效果，但對局部痛癢無明顯效果。治療開始得越早，對臨床症狀和病毒學反應的意義越大。在前驅期用藥可抑制疾病，使其免於發生。預防性口服阿昔洛韋(400mg，2次/日)可減少復發，安全有效，可連續用藥5年以上。預防性治療的複發率比間歇性治療低。在預防性治療期間，無症狀的病毒排出仍可發生，使性伴侶感染。
