1、生殖器皰疹病毒hsv1合併神經系統病變。生殖器皰疹病毒可能經周圍神經沿神經軸轉入三叉神經節，hsv2則轉入骶神經節長期潛伏於神經細胞內。如機體受到創傷、高熱、過敏、月經等原因引起感染和復發時，會併發腰髓部神經炎、脊髓炎，出現臀部及下肢放射性疼痛、膀胱麻痺等症。
2、生殖器皰疹合併宮頸癌、不孕不育。皰疹病毒與宮頸癌發生關係密切，據研究，宮頸癌患者中hsv-2的抗體陽性率明顯高於正常人群。生殖器皰疹也可能是導致人工流產後不孕症以及男性不孕症的重要因素。
3、生殖器皰疹合併性傳播疾病。如淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒、生殖器皰疹等混合感染，故在診治中應該加以重視。
4、生殖器皰疹合併其他。合併播散性皰疹、皰疹性腦膜炎、前列腺炎、直腸炎、盆腔炎、脊髓神經根疾病等一系列併發症。在艾滋病流行的地區，該病還可增加艾滋病病毒感染的危險性。
