危害一：導致不孕不育：
生殖器皰疹危害巨大，而據國外科研機構報告表明，生殖器皰疹可能是導致人工流產後不孕症以及男性不育症的重要因素。凡與患有陰莖皰疹的男性發生一次性接觸的女性，約有80%可受感染，而孕婦生殖器皰疹還可以引起子宮內hsv感染和新生兒感染，給胎兒造成嚴重影響。
危害二：引起併發症：
生殖器皰疹還可以引起播散性皰疹、皰疹性腦膜炎、前列腺炎、直腸炎、盆腔炎、脊髓神經根疾病等一系列併發症。部分生殖器皰疹病毒hsv1可能經周圍神經沿神經軸轉入三叉神經節，hsv-2則轉入骶神經節長期潛伏於神經細胞內。如機體受到創傷、高熱、過敏、月經等原因引起感染和復發時，會併發腰髓部神經炎、脊髓炎，出現臀部及下肢放射性疼痛、膀胱麻痺等症。
危害三：易和其他疾病混合感染：
臨床治療中發現，生殖器皰疹常與其他性傳播疾病，如淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒、尖銳溼疣、陰道念珠菌病、滴蟲等混合感染故在診治中應該加以重視。
