診斷主要結合流行病學史、臨床表現和病原學檢查，早發現、早診斷是防控與有效治療的關鍵。
1.疑似病例
符合下列情況之一即可診斷為疑似病例：
(1)發病前7天內與傳染期甲型H1N1流感確診病例有密切接觸，並出現流感樣臨床表現。密切接觸是指在未採取有效防護的情況下，診治、照看傳染期甲型H1N1流感患者;與患者共同生活;接觸過患者的呼吸道分泌物、體液等。
(2)發病前7天內曾到過甲型H1N1流感流行(出現病毒的持續人間傳播和基於社區水平的流行和暴發)的地區，出現流感樣臨床表現。
(3)出現流感樣臨床表現，甲型流感病毒檢測陽性，尚未進一步檢測病毒亞型。
對上述3種情況，在條件允許的情況下，可安排甲型H1N1流感病原學檢查。
2.臨床診斷病例
僅限於以下情況作出臨床診斷：同一起甲型H1N1流感暴發疫情中，未經實驗室確診的流感樣症狀病例，在排除其他致流感樣症狀疾病時，可診斷為臨床診斷病例。
甲型H1N1流感暴發是指一個地區或單位短時間出現異常增多的流感樣病例，經實驗室檢測確認為甲型H1N1流感疫情。
在條件允許的情況下，臨床診斷病例可安排病原學檢查。
3.確診病例
出現流感樣臨床表現，同時有以下一種或幾種實驗室檢測結果：
(1)甲型H1N1流感病毒核酸檢測陽性(可採用real-timeRT-PCR和RT-PCR方法)。
(2)分離到甲型H1N1流感病毒。
(3)雙份血清甲型H1N1流感病毒的特異性抗體水平呈4倍或4倍以上升高。
