1、染色體異常。常見的有男性假兩性畸形、克氏綜合徵和XYY綜合徵。
2、內分泌疾病。原因是促性腺激素缺乏。常見的有選擇性促性腺功能低下型性機能減退，即Kallmann氏綜合徵;選擇性LH缺陷症和FSH缺陷症;腎上腺皮質增生症;高泌乳素血癥(婦科 腫瘤科)等。
3、生殖道感染較為常見。近年來隨著性傳播疾病發病率的提高，生殖道炎症如前列腺炎(泌尿外科)、附睪炎(泌尿外科)、睪丸炎(泌尿外科)、尿道炎(泌尿外科 腎內科)的發病率和嚴重程度有所增加，嚴重影響男性的生育能力。
4、輸精管道梗阻。影響精子的輸送。
5、睪丸生精功能異常。常見於隱睪(泌尿外科)，精索靜脈曲張(泌尿外科)，毒素、磁場、高熱和外傷等理化因素皆可引起睪丸的生精障礙。
6、精子結構異常和精漿異常。影響精子的運動、獲能和頂體反應等。
7、免疫性不育。男性自身產生的抗精子免疫和女性產生的抗精子同種免疫均可引起男性不育。
8、男性性功能障礙。陽痿(泌尿外科)、早洩(肝膽外科)、不射精和逆行射精皆可引起男性不育。
