遺傳因素(30%)：
遺傳因素在AS的發病中具有重要作用，據流行病學調查，AS病人HLA-B27陽性率高達90%～96%，而普通人群HLA-B27陽性率僅4%～9%。
感染和自身免疫(30%)：
AS發病率可能與感染相關，Ebrimger等發現AS病人大便中肺炎克雷白菌檢出率為79%，而對照組<30%;有人發現60%AS病人血清補體增高，大部分病例有IgA型類溼因子，血清C4和IgA水平顯著增高，血清中有循環免疫複合物(CIC)，但抗原性質未確定，以上現象提示免疫機制參與本病的發病。
其它因素(30%)：
創傷，內分泌，代謝障礙和變態反應等亦被疑為發病因素，總之，目前本病病因未明，尚無一種學說能完滿解釋AS的全部表現，很可能在遺傳因素的基礎上的受環境因素(包括感染)等多方面的影響而致病。
(一)發病原因
AS的病因目前尚未完全闡明，大多認為遺傳，感染，免疫環境因素等有關。
1、遺傳：HLA-B27陽性者AS發病率約為10%～20%，而普通人群發病為1‰～2‰，相差約100倍，有報道，AS一組親屬患AS的危險性比一般人高出20～40倍[12]，國內調查AS一級親屬患病率為24.2%，比正常人群高出120倍，HLA-B27陽性健康者，親屬發生AS的機率遠比 HLA-B27陽性AS病人親屬低，所有這些說明HLA-B27在AS發病中是一個重要因素。
但是應當看到，一方面HLA-B27陽性者並不全部都發生脊柱關節病，另一方面約有5%～20%脊柱關節病病人檢測HLA-B27呈陰性，提示除遺傳因素外，還有其他因素影響AS的發病，因此HLA-B27在AS表達中是一個重要的遺傳因素，但並不是影響本病的唯一因素，有幾種假設可以解釋HLA-B27 與脊柱關節病的關節：
①HLA-B27充當一種感染因子的受體部位;
②HLA-B27是免疫應答基因的土改的，決定對環境激發因素的易感性;
③HLA-B27可與外來抗原交叉反應，從而誘導產生對外來抗原的耐受性;
④HLA-B27增強中性白細胞活動性，籍助單克隆抗體，細胞毒性淋巴細胞，免疫電泳及限制片段長度多形態法(restriction fragment length polymorphism)，目前已確定HLA-B27約有7種或8種亞型[1]，HLA-B27陽性的健康者與脊柱病病人可能有遺傳差別，例如所有 HLA-B27個體都有一個恆定的HLA-B27M1抗原決定簇，針對此抗原決定簇的抗體可與HLA-B27交叉反應，多數HLA-B27分子還有M2抗原決定簇，HLA-B27M2陰性分子似乎比其他HLA-B27亞型與AS有更強的聯繫，尤其是亞洲人，而HLA-B27M2陽性亞型可能對Reiter綜合徵的易感性增強，現已證明，HLA-B27M1與M2兩種抗原決定簇和致關節因素紹克雷白菌，志賀桿菌和那爾森菌能發生交叉反應，反應低下者似乎多表現為AS，反應增強者則發展為反應性關節炎或Reiter綜合徵。
2、感染：近年來研究提示AS發病率可能與感染相關，在AS活動期中腸道肺炎克雷白菌的攜帶率及血清中針對該菌的IgA型抗體滴度均較對照組高，且與病情活動呈正相關，有人提高克雷白菌屬與HLA-B27可能有抗原殘期間交叉反應或有共同結構，如HLA-B27(宿主抗原殘基72至77)與肺為克雷白菌 (殘基188至193)其有同源性氧基酸序列，其他革蘭陰懷菌是否有抗體與這種合成的肽序列結合，HLA-B27陽性AS病人有29%，而對照組僅5% [15]，Mason等統計，83%男性AS病人合併前列腺炎，有的作者發現約6%潰瘍性結腸炎合併AS;其他報道也證實，AS的病人中潰瘍性結瘍炎和侷限性腸炎發生率較普通人群高許多，故推測AS可能與感染有關，Romonus則認為可能盆腔感染經淋巴途徑播散到骶髂關節，再經脊柱靜脈叢播散到脊柱，但在病變部位未能找到感染原(細菌或病毒)。
