(1)液氮冷凍：用棉籤浸蘸液氮後，稍加壓放置於皮損上數秒鐘，如此反覆多次。每週1次，一般需數次治療。不良反應有局部水腫，可持續數天。
(2)電灼：適於有蒂、大的尖銳溼疣。當尖銳溼疣呈菜花或疣贅狀生長時，基底常形成蒂，此時先以電灼法在蒂部作切割是理想的治療手段，剩餘的損害可採用冷凍、激光或藥物等治療。
(3)手術：適於大的尖銳溼疣。以手術方法將疣的主體切除，等傷口癒合後採用局部藥物或冷凍等手法。有的患者包皮過長，建議作包皮環切術。
(4)二氧化碳激光：適於疣體較小的病例。在女性宮頸口、男性尿道口的尖銳溼疣難以外用藥，可採用二氧化碳激光治療。
(5)光動力學治療：方法是將新鮮配製的20%ala溶液持續外敷於患處3小時，然後用150mj/cm2的氦-氖激光連續照射20～30分鐘。間隔1～2周治療一次，一般1～3次可治癒。治療尿道口尖銳溼疣獲得98%以上的治癒率，而且複發率很低。
