食管可以被多種不同的原因引起損傷，根據損傷的原因大體上分為機械性損傷和化學性損傷。機械性損傷中又可分為腔內損傷和腔外損傷。近年來隨著在食管腔內用儀器進行診斷和治療的病例迅速增加，醫源性食管損傷在這類疾病中佔的比例也不斷無病增大，另外根據食管損傷的部位又分為頸部食管損傷、胸部食管損傷和腹部食管損傷。
1.腔內損傷採用腔內醫療器械診斷和治療食管疾病在當今是相當安全的，但並不是完全沒有危險。食管腔內損傷多發生在用這些器械在食管內或通過食管進行診斷和治療的過程中，採用硬食管鏡發生的併發症要比纖維食管鏡高。在有膈上憩室、賁門失弛緩症、食管狹窄的病人，如果不小心操作則更易發生食管損傷。
2.腔外損傷腔外損傷主要由於胸部或頸部挫傷或穿透性槍傷、刀傷，並多與胸部或頸部的其他損傷同時存在。
腸道結構中的漿膜和粘膜下層含有抗張力的膠原和彈力纖維，由於食管沒有漿膜層而不同於消化道的其他部位，使之更易於損傷。食管的頸段後壁粘膜被覆一層很薄的纖維膜，中段僅被右側胸膜覆蓋，下段被左側胸膜覆蓋，周圍沒有軟組織支持，加上正常胸腔內壓力低於大氣壓，這些是食管易於損傷的解剖因素。用儀器在食管腔內檢查和治療引起損傷的併發症主要是食管穿孔。食管穿孔的部位是環嚥肌和咽括約肌連接處的頸部食管，約50%的食管穿孔發生在環咽部Lannier‘s三角，這個三角由咽括約肌和在頸椎5、6水平的環嚥肌構成。當有頸骨刺和頸部過伸時，極易被損傷發生穿孔。第二個用儀器易引起食管損傷的部位為上段食管，這個部位相對狹窄，部分同肺門、主動脈弓及左主支氣管固定。其他易於損傷的部位是食管的遠端與胃連接處，還有梗阻病變的近段、食管癌延伸的部位以及進行檢查或擴張的部位。
食管穿孔後口腔含有的大量細菌隨唾液嚥下，酸度很強的胃液、胃內容物在胸腔負壓的作用下，較易經過穿孔的部位流入縱隔，導致縱隔的感染和消化液的腐蝕，並可穿破縱隔胸膜進入胸腔，引起胸腔內化膿性炎症。
